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ALANさん
ALANさんの場合は、ホーチミンからフエまでが国内線ですので、
ホーチミンで入国して荷物を受け取り、国内線に乗ることになる
と思います。

国際線同士の乗り継ぎであれば、最終目的地で入国、荷物もスルー
であることがほとんどですが、最終目的国で国内線に乗り継ぐ場合
は、最初に入国した地点の空港で入国審査を済ませて国内線に
乗り継ぐことが原則（この場合、税関検査もありますので荷物も
スルーにはなりません）です。よって前述のようにホーチミンで
入国審査を受けて荷物も受け取った後に国内線搭乗カウンターへ
行って搭乗券を発券してもらわないといけないと思います。

特例的に国内線であっても国際線扱いで運行している便もあります
が（例えば日本の地方空港から成田空港などや、タイのバンコク−
チェンマイ、チェンライ、プーケットなど；ただしタイの場合も
以前は入国審査、荷物受け取りとも最終目的地でしたが、最近、
入国審査はバンコク、荷物は従来通り最終目的地に変更になって
います）、ホーチミン−フエはこの特例にあたらないと思います。

しゃおしゃおさん
さらに安心されるために、日本でのチェックインの際に「荷物は
シェムリで受け取りですね」と係員に念を押されると良いと思います
し、チケットに貼られる預かり荷物の半券（クレイムタグ）を見て頂
ければと思います。
帰国時も同様の行程であれば、シェムリを出発される際に日本までの
チケットを全て提示して下さい。逆に例えば帰りに香港でも何日か
観光されるのであれば、香港までのチケットを提示して下さい。