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ほとんどのダウン症は、卵子か精子のいずれかができる時の染色体の分裂がうまく行かずに起こります。
また、受精卵の発育初期の分裂異常も原因となります。
しかし、これらの異常な分裂がなぜ起こるのかは現在でもわかっていません。
妊娠中の感染、薬品、放射線などはダウン症の原因としては余り重視されなくなっています。