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個人で行かれる場合、遺跡を回る際の選択枠が幾つかあり私のわかる範囲でいえば

１、個人手配でツアー会社に日本語のガイドを頼む（私はこれを利用）

２、現地発の団体ツアーに申し込む（ホテルにトラパスのパンフレットがありました。）

３、完全に個人で移動する。

１、は車、食事、ガイド付きで、スケジュールがきちんと決まっているので、何の心配も要らないです。
(時間とスケジュールの自由は利きませんが、一通りポイントを回り説明も受けれます。）

　　私が行った日はたまたま１人しかいなかったので、普通乗用車での移動、ガイドもマンツーマン
　　見学時の自由時間も融通が利きました。

　　見たく無い、興味の無いところはサッサと通りすぎ、ゆっくり見たい時は時間をかけガイドブックを
　　見直したり、色んな角度から写真を撮ったりできました。
　　
　　・・・が１、でも他の客がいると、それは無理と思います。

特に遺跡に興味のある方は。（上記の理由から）
個人で回られるのもいいかと思います。(もしくは１、を予約時に完全個人利用にしてもらう）

私自信が経験していないのに、偉そうな事は言えませんが、遺跡のある、アンコールトム・ワットとその周辺は
距離が離れていないので、タクシー等を１日チャーターすれば良いです。
（道は簡単で迷うことは、ありませんが自転車での移動は薦めません）

タクシー・バイタクは観光客慣れしていますので、入場券（パスポート作る）を買う所から案内を始めてくれます。
後は各寺院の門前で降ろしてもらったら、貴方のペースで見学出来ます。１日の貸切だと何時間でも約束の
場所で待ていてくれます。
（料金はホテルへもどった時の後払いか、半分先払いにして、全額先払いにしないでください）

また日本で遺跡の説明を詳しく書いたガイドブックを熟読しておいてください。
ガイドがしてくれる話は簡単で、ちょっと詳しいガイドブックなら大抵書いてある程度の事です。
日本語というだけで日本人とは限らないので、聞き取りにくい所もあり、自分でガイドブックで調べた位ですので
どうしても・・というほどのガイドの必要性は感じませんでした。
一人でカンボジアへ向かう事が出来るくらい（それくらい英語力）でしたら寺院内の見学、遺跡間の移動も１人で問題ないでしょう。