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> 自分で問合せるのと、専門サイトで問合せるのとどちらがホテルに信用あるかが問題。

何がいいたいのか、イマイチよくわからないのですが、問い合わせに関しては、差はないと思いますよ。
違いがあるとしたら、チェックインする時に、保証金を要求されるかされないか程度じゃないかと…。

ちなみに私は、保証金を現金でしたことはなく、クレジットカードの提示ですませてます。
w_katuoさんは、個人で問い合わせて、何か不都合があったんでしょうか？