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mu☆tuさん、楽しい旅行になるといいですね。
旅行代理店はサービス業であり
お客様に不快な思いをさせないことは基本中の基本です。
ただ昨今「クレーマー」も増えていて、
もしかすると担当者がそのタイプと思って逆ギレ対応したのかもしれません。
同業者としては、心したいと思います。

とはいえ、このケースはやはり無理があると思います。

ホテルに同等クラス設定があるのは
確実にツアーを押さえるための保険のようなもので、２つというのは少ない方です。
ご予約申込の際に希望を出していただいても必ず手配できるわけではありません。

「ホテルに問い合わせると空いている」ということですが
ホテル指定コース以外は通常、現地ホテルと予め契約した部屋数を押さえ、
不足分は他の同等クラスからまかなう場合が多いです。
つまり、500室あるホテルでもA代理店は20室しか予約キャパシティを持たない…と
いうことになるのです。

ツアーとは「まとめ買い価格」でホテルを押さえているので
まとめ売り用のお部屋はいっぱい、もっと高いお部屋は空いているというと分かりやすいかもしれませんね。