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誰も、肝心の質問に答えてくれない様なので、、

>同じ土地でホテルを移るのは面倒でしょうか？
泊まるホテル数だけホテルまでの移動、チェックイン、荷解き、滞在、荷造り、チェックアウト、を繰り返すわけですな？
それを面倒と思うかは、主観の問題ですから、何とも言えませんな。

まぁ4日もあれば、クワダイビーチ近くのリゾートホテルと旧市街近くのホテルと、泊まってみたいですな。

>いろいろな観光名所に効率よく回れるような印象を受けたのですが、フォン川のツアーはどうでしょうか？
ツアーの良し悪しは主観ですから、何とも言えませんが、もしサイゴンに行く日にボートトリップに参加したいのなら現実的な時間の猶予も考慮して判断すべきですな。

確かフン川のボートトリップは朝から始まって、夕方まで掛かりますな。
ちなみに夕方からのフエ発サイゴン行きの便の時間を見て見ますと16:40,17:20,21:40ですな。
少し余裕を持って出発時間の1時間前には空港に向けて出発したいですな。

多分、ボートトリップ参加したら乗れる飛行機は21:40フエ発、サイゴン着は23:00ですな。ホテル着は0:00頃になりますから確実にサイゴンのホテル要予約ですな。
そして、20:00頃まで荷物を預かってもらえるようにホテルと要交渉ですな。

>ダナンからフエの列車の切符ですが現地で問題なく買えるでしょうか？
買えるか買えないかは、ご自身のコミュニケーション能力の問題ですから何とも言えませんな。
>運転手さんに相談して買うのを手伝ってもらうなどしたほうがいいのでしょうか？
ベトナム語しか話せない運転手と交渉出来るなら、多分一人で窓口で買えますな。
旅のベトナム語会話集を買えば、チケットを買う時の言葉位載ってますな。

>初日にホイアンまで行くこと（ただ到着が遅いので、ダナンの空港近くに泊ってワンクッションおくのとでまだ迷っていますが）
まったく迷う意味はありませんな。ダナン着が早かろうが遅かろうが、ピックアップサービスで確実にホテルに着けるのなら、迷わずホイアン直行ですな。
空港からダナン市内のホテルまで、
空港からホイアン市内のホテルまで
多分この二つの時間差は、多分約20分程度ですな。