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滞在予定表を提出しなくてはいけないと思いますが、その予定表を見て必要な日数のビザを発給してくれるようです。
例えば、１０日間の観光予定を書いた滞在予定表を提出すると、１５日間のビザを発給するというように。
９０日というのはMAXの日にちで、予定表とそれに見合う旅券（e-チケット）を提出できれば、それに見合うビザを発給してくれるようです。
ただ、あまり長期間滞在のビザ申請だと、不法滞在・不法就労を疑われるので下りない場合もあるようです。
ビザ発給は正式には５営業日ですが、書類に不備がある場合は、もちろん延びますので早めの申請が良いと思います。