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1975年

　ベトナム戦争まっただ中の陥落寸前のサイゴン。

ポン弾き(通称エンジニア)が経営するキャバレーで過酷な戦闘の日々を送るＧＩ達が一夜の快楽を求めてお遊びの「ミス･サイゴンコンテスト」を選ぶ乱痴気騒ぎを繰り広げている。

　そこで米兵クリスと、その日田舎から出てきたキムは出会う。互いに惹かれ合う二人。キムは親の決めた従兄弟(トゥーイ)との婚約を無視してクリスと一緒に暮らし始める。
　そんな中サイゴンは陥落し、米兵はベトナム人を置いて自分たちだけ、ヘリコプターで逃げるのだった。クリスはキムを連れていこうとするが、陥落による大混乱でキムを見つけることができず強引にヘリコプターに乗せられてしまう。
　その後、ベトナムにキムを迎えに行こうとするが色々な壁に阻まれ叶わず、戦争の後遺症で失語症に陥る。やがて立ち直りアメリカで生きていく決心をし、エレンというアメリカ女性と結婚する。
　３年後、それでもクリスは毎晩サイゴンの悪夢にうなされ続けている。その頃、キムはクリスとの間にできた子供タムを育てながら、クリスが迎えにくることを信じて待っている。
　そこにエンジニアが戦争の勝利によってベトナムの指導者となったトゥーイを連れてやってくる。トゥーイはキムに結婚を迫るがキムは「結婚している」とそれを拒みトゥーイにタムを会わせる。タムを見て逆上したトゥーイがタムを殺そうとしたため、キムはクリスの残した拳銃でトゥーイを撃ち殺す。混乱の中、キムはエンジニアを頼り３人でアメリカに渡るため、難民船でバンコクに渡る。

　バンコクでキムはバーのホステスとして働いていた。その頃クリスは息子の存在を知り、エレンと一緒にバンコクに渡る。クリスが来ていることを知ったキムは、ホテルにクリスを訪ねるがクリスはキムを探しに街に出ていて入れ違ってしまう。
　ホテルでエレンと会ったキムはタムを引き取るよう詰め寄るがエレンに拒絶される。
タムをアメリカ人にすることだけを心の支えにしていたキムは、タムをアメリカ人にするために自らの命を絶つ。