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シンカフェの「おきがる掲示板」に問い合わせをしてみたらどうでしょうか？
このサイトはホーチミン版のようですが、ハノイのことも解るかもしれません。

荷物はチェックインでもチェックアウトでも預かってくれると思います。
ハロン湾にも持っていけると思いますよ。

ただし、泊まるホテルもしくは泊まる船の室内がとても狭い可能性があるので、
スーツケースを拡げるのは苦しいかもしれません。

私はジャンク船で１泊しましたが、室内がとても狭くて、スーツケースを拡げるのに苦労しました。