『ベトナム人との結婚手続きについて』のコメント No.36

http://www.moj.go.jp/ONLINE/IMMIGRATION/16-1.html

こちらで確認いただけれると思いますが、配偶者による申請だけで問題ありません。　
また、申請時に本人が日本にいようがいまいが、手続きが早くなることはないでしょう。